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Kazuya Wada
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第25回東京R勉強会の発表資料です
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そろそろRStudioの話
1.
そろそろRStudioの話でもしてみようと思う
2012/08/04 Tokyo.R#25 和田 計也 サイバー系
2.
サイバー系
はじめに ※この発表は個人の 見解であり、所属す る組織の公式見解で はありません。 2012/8/4 1
3.
サイバー系
自己紹介 和田 計也(@wdkz) 静岡県袋井市出身 サイバー系企業でデータマイニングエンジニア職 最近はレポーティング周りの仕事してます 前職はバイオベンチャー バイオマーカ探索してた 学生時代は枯草菌の研究 2012/8/4 2
4.
サイバー系
私はこうしてRStudioに乗り換えました 従来 エディタ(EmEditor) + RGUI featuring コピペ 現在 RStudio 乗り換えた理由 括弧補完してくれたり、オブジェクトの一覧が表示され てるから迷子にならないし、data.frameの中を手軽に 見れるし、plot図何枚も保持してくれてるし... Rmarkdownで記述してknitrでknit htmlして簡単にレポーティングできるから 2012/8/4 3
5.
サイバー系
今日お伝えしたいこと 1. RStudio使いましょう! 2. R Markdownでコード保存しましょう! 3. knitrのknit HTMLでレポーティングしましょう! 2012/8/4 4
6.
サイバー系
今日のお話 1. RStudioについて 2. R markdownとかknitrとかについて 3. チュートリアル 2012/8/4 5
7.
サイバー系
今日のお話 1. RStudioについて 2. R markdownとかknitrとかについて 3. チュートリアル 2012/8/4 6
8.
サイバー系
RStudioとは? RのIDE(Integrated Development Environment)です サイト http://rstudio.org/ スクショ→ 2012/8/4 7
9.
サイバー系
Desktop版とServer版とあります Desktop版 Server版 ・誰かがセットアップして くれたら、みんな使える! ・みんなでコードを共有で きる! ・linuxでしか使えない libraryも使える! XML, RApache ... 2012/8/4 8
10.
サイバー系
インストール_どっちか選んでね Desktop版 自分の使ってるOS用のバイナリ落としてダブルクリック Server版(のUbuntu版) sudo apt-get install r-base sudo apt-get install libssl0.9.8 http://rstudio.org/download/desktop sudo apt-get install libapparmor1 apparmor-utils wget http://download2.rstudio.org/rstudio-server-0.96.316- amd64.deb sudo dpkg -i rstudio-server-0.96.316-amd64.deb *RedHat/CentOSでもrpmでインストールできるよ。 でもRのバージョンは新し目のにしてね! http://rstudio.org/download/server 2012/8/4 9
11.
サイバー系
RStudioを起動してみる Desktop版 アイコンをダブルクリック Server版 ブラウザでhttp://xxx.xxx.xxx.xxx:8787 ログイン画面 Firefox, Safari, Chrome以外のブラウザだと 以下の表示が出て使えない *ログインには、RStudioがインストールされたサーバのuserとpasswordを使う。 LDAPアカウントを使用する場合は後述。 2012/8/4 10
12.
サイバー系
RStudio 画面_ Desktop版, Server版どちらでも同じです。 「Tool」→「Options」 Workspaceとか で画面割は設定できます Source FilesとかPlotsとか Console 2012/8/4 11
13.
サイバー系
RStudio_右上のとこ Projectを選べるので便利です。 rm(list=ls()); setwd(“~/hogehoge/Prj3”) とかってやんなくていいから、 さくさく切り替えられます。 これ 2012/8/4 12
14.
サイバー系
RStudio_Sourceパネル Sourceの種類を選べるが有無を言わずR Markdown形式 を選ぶ。(Markdownについては後述) これ 2012/8/4 13
15.
サイバー系
RStudio_Sourceパネル 左下の クリックすると関数一覧が出現して、選択するこ とで関数にjumpできます。 これ 2012/8/4 14
16.
サイバー系
RStudio_Sourceパネル ソース中で実行したいところを選択してRunボタン押すと 瞬時にConsoleにソースが転送されて実行されます ②Runボタン ①ここら辺のソースを 選択して 2012/8/4 15
17.
サイバー系
RStudio_Workspaceパネル オブジェクト一覧が出てる(Consoleでls()したものと、 その中見がなんとなくわかるようなのが常に表示されて るのはありがたい) 例えばこれ クリックすると 中見が手軽に見れます 2012/8/4 16
18.
サイバー系
RStudio_FilesとかPlotsとか デフォで右下のパネル Plotsはplot()の内容が表示される。 矢印ボタンで過去にplotした図に 戻れるしZoomとかExportとか 駆使して好きなサイズの絵で保存 できる。 ?で出てくるHelpもここに出る。 helpはちょい見辛いかな Filesはdir()の内容が表示されてる。 Server版はUpload機能もあり わざわざscpとかしなくていいから便利 2012/8/4 17
19.
サイバー系
(おまけ)RStudio Server特有の話 LDAP権限でログインしたい $sudo vi /etc/pam.d/rstudio #%PAM-1.0 auth requisite pam_succeed_if.so uid >= 500 quiet #追記 #auth required pam_unix.so nodelay #コメントアウト #account required pam_unix.so #コメントアウト auth required pam_ldap.so #追記 account required pam_ldap.so #追記 2012/8/4 18
20.
サイバー系
(おまけ)RStudio Server特有の話 使用するR本体を指定したい $sudo vi /etc/rstudio/rserver.conf rsession-which-r=/usr/lib64/R/bin/R ↑ここで使いたいVersionのRの場所を指定 利用するメモリ量を増やしたい(デフォルトは2G byte) $sudo vi /etc/rstudio/rserver.conf rsession-memory-limit-mb=24000 #再起動 $sudo /usr/lib/rstudio-server/bin/rstudio-server restart *ここら辺に載ってます http://rstudio.org/docs/server/configuration 2012/8/4 19
21.
サイバー系
今日のお話 1. RStudioについて 2. R markdownとかknitrとかについて 3. チュートリアル 2012/8/4 20
22.
サイバー系
Knitrとは? knitr ≈ Sweave + cacheSweave + pgfSweave + weaver + animation::saveLatex + R2HTML::RweaveHTML + highlight::HighlightWeaveLatex + 0.2 * brew + 0.1 * SweaveListingUtils /) + more ///) /,.=゙''"/ / i f ,.r='"-‐'つ____ こまけぇこたぁいいんだよ!! / / _,.-‐'~/⌒ ⌒\ / ,i ,二ニ⊃( ●). (●)\ 激しく優秀な / ノ il゙フ::::::⌒(__人__)⌒::::: \ レポーティング ,イ「ト、 ,!,!| |r┬-| | ツール in R / iトヾヽ_/ィ"\ `ー'´ / 2012/8/4 21
23.
サイバー系
ちなみにKnitrを作った人、Yihui Xie Rでマインスイーパ できるライブラリ も作ってる! library(fun); mine_sweeper(width = 10, height = 10, mines = 20, text.cex = 2, cheat = FALSE, seed = NULL) 2012/8/4 22
24.
サイバー系
Reproducible Researchを心懸けるには 1. 「Reproducible Research」=「再現可能な研究」 データ解析の手順(コード)と結果が一つのファイル内でまと まってるとHappy 参考)RでReproducible Research by @sfchaosさん 2. 簡単な実現方法 RStudioでコーディングして、ソースをR Markdown形式 で保存 ↓↓↓↓↓↓↓↓ ↓↓↓↓↓↓↓↓ knit HTMLによりhtml形式で出力 *Markdown・・・軽量マークアップ言語のひとつである。「読みやすく書きやす いプレーンテキストで書け、そして構造的に妥当なXHTML(もしくはHTML)に 変換することのできるフォーマット」として、John GruberとAaron Swartzに よって考案された。 wikipediaより 2012/8/4 23
25.
サイバー系
R Markdown記法例 ### 初めてのR Markdown レポートのタイトル ```{r} plot(1:10) ここの間にRのコードを書く ``` 記法の詳細は[ここ ](http://www.rstudio.org/docs/authoring/using_markdown)を見てね こんな風に、リンクを貼れたりもできる 2012/8/4 24
26.
サイバー系
R MarkdownのFAQ 1. warningがウザすぎてレポートが見辛い ‘’’{r, warning=FALSE} 2. Rのコードがレポートに無いほうがいい(結果のみがいい) ‘’’{r, echo=FALSE} 3. ggplot2で出力したはずの図が無い print(qplot(1:10)) 4. for文の中でplot(もしくはggplot)を何度か呼び出したはず なのに1枚の図しか出力されてない ```{r, fig.keep=‘all’} 2012/8/4 25
27.
サイバー系
R MarkdownのFAQ_Table編 1. data.frameをhtmlのtableみたいに表示させたい この場合はhwriter::hwrite()関数かxtable::xtable()関数がいいと思い ます。 ‘’’{r, results=‘asis’} print(xtable::xtable(iris), type=‘html’) ``` 2. テーブル中の値を左寄せ、もしくは右寄せにしたい xt <- xtable::xtable(iris) xtable::align(xt) <- rep("l", ncol(iris) + 1) print(xt, type="html") 3. テーブルの枠が表示されない これはcssを設定しなければいけません →次ページへ 2012/8/4 26
28.
サイバー系
R MarkdownのFAQ_Table編_枠表示編 テーブルの枠が表示されない デフォルトのmarkdown.cssのせいで表示されません。 Winの場合、C:¥Program Files¥RStudio¥resources¥markdown.css Linuxの場合、/usr/lib/rstudio-server/resources/markdown.css body, td { body { font-family: sans-serif; font-family: sans-serif; background-color: background-color: white; white; font-size: 12px; font-size: 12px; 書き換える margin: 8px; margin: 8px; } } td { : font-family: sans-serif; : font-size: 12px; table, td, th { margin: 8px; border: none; } } : : table, td, th { もしくは別ファイルでcss保存しておいて border: solid; options(rstudio.markdownToHTML = } function(inputFile, outputFile) { require(markdown) markdownToHTML(file=inputFile, output=outputFile, stylesheet='my.css') } ) 2012/8/4 27
29.
サイバー系
(参考)Knit HTMLボタン押した時にやられていること 1. knit関数でRmdファイル→mdファイル作成 require(knitr) knit(input=‘sample.Rmd’, output=‘sample.md’) 2. markdownToHTML関数でmdファイル→htmlファイル 作成 require(markdown) markdownToHTML(file=‘sample.md’, output=‘sample.html’) 3. browseURL関数でブラウザ起動 utils::browseURL(paste('file://', file.path(getwd(),‘sample.html'), sep='')) 2012/8/4 28
30.
サイバー系
今日のお話 1. RStudioについて 2. R markdownとかknitrとかについて 3. チュートリアル 2012/8/4 29
31.
サイバー系
Knit HTMLを実行 ソース書き上がったら「Knit HTML」ボタンを押す 2012/8/4 30
32.
サイバー系
Knit HTML実行中... 暫く待つ 2012/8/4 31
33.
サイバー系
Knit HTML実行結果 内蔵ブラウザでレポートが表示される! htmlでsaveするかRPubsにpublishするか選びましょう! htmlの保存 ブラウザへ RPUBへ 2012/8/4 32
34.
サイバー系
RPubへpublish http://rpubs.com/wdkz/1076 コード及び結果はURL リンク先を見て下さい 2012/8/4 33
35.
サイバー系
チュートリアル其の弐(というか例) http://rpubs.com/wdkz/1078 最終的なレポートがhtml形式なので、Rのplotやggplotじゃなくて Google Visualisation APIを利用するって手もあります。 コード及び結果はURL リンク先を見て下さい 2012/8/4 34
36.
サイバー系
まとめ 1. RStudio使いましょう! 2. R Markdownでコード保存しましょう! 3. &knitrのknit HTMLでレポーティングしましょう! 4. あわよくばRPubsで公開しましょう! 2012/8/4 md 35