24/Apr/2017 1730-1900 JST 洛和会音羽病院総合内科 AARM Department of General Internal Medicine, Rakuwakai Otowa Hospital, Kyoto, JAPAN 「効率的な検索法とPubMedの使い方」 "Efficient serach methods and how to use the PubMed"

1. 2017/04/24(Mon.) AARM@洛和会⾳⽻病院 総合内科
効率的な検索法とPubMedの使い⽅
Efficient search methods and how to use the PubMed
12017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH
京都⼤学⼤学院 医学研究科
Kyoto University Graduate School of Medicine
医療統計学分野 / 医学教育・国際化推進センター
Department of Biostatistics / Center for Medical Education
洛和会⾳⽻病院総合内科 臨床研究指導者（⾮常勤）
廣江 貴則 Takanori Hiroe（t-hiroe[at]umin.ac.jp）

2. Outline
1. PubMedの概要と検索サイト
2. 論理演算⼦の利⽤と検索例
◦ 論理演算⼦と検索式
◦ 検索式を⽤いた検索の例
3. タグを利⽤した検索
◦ タグの使い⽅
◦ タグを⽤いた検索の例
4. MeSH DatabaseとAdvanced Search Builder
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3. Outline
1. PubMedの概要と検索サイト
2. 論理演算⼦の利⽤と検索例
◦ 論理演算⼦と検索式
◦ 検索式を⽤いた検索の例
3. タグを利⽤した検索
◦ タグの使い⽅
◦ タグを⽤いた検索の例
4. MeSH DatabaseとAdvanced Search Builder
2017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH 3

4. PubMed（ぱぶめど）
•世界最⼤の医学・⽣物学の⽂献検索システム
• MEDLINEと呼ばれるデータベースがコア
• 3000万件近い⽂献が登録されている
• ⽇本のCiNii, J-Stage, 医学中央雑誌の⼤きいやつ
提供元
•⽶国国⽴医学図書館・国⽴⽣物科学情報センター
• National Center for Biotechnology Information
• PubMed以外にも塩基配列の情報なども無償提供
• PubMedとジャズは⽶国から⼈類への最⼤の贈り物
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5. PubMedのMain page
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検索窓
Advanced
Search
Builder

6. PubMedの構成
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MEDLINE(1946〜)
Old MEDLINE(〜1945)
Non MEDLINE
こちらがメイン
MeSH（後述）付与
出版社から提供された情報で
MEDLINEに載らないもの
or 準備中のもの
随時更新
約6000誌，9割以上が英語
（実は他の言語もある）
平日更新

7. 検索サイト/検索エンジン
72017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH
検索

8. PubMedと検索サイト
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9. 司書と⽂献検索
•司書：Librarian
•⽇本と欧⽶では役割が全く違う
• 本来は⾼度専⾨職（少なくとも⼤学院修了程度）
• ⽇本ではほとんどの場合「図書館の⼈」
•レファレンスサービス
• 図書館利⽤者に対する情報/⽂献検索・提供業務
• 欧⽶の司書にとってはこれが本業に近いことも
• ⽇本ではほぼ提供されないので⾃分でやるしかない
• 検索の⽅法は⼤学でしっかり教えていない
92017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH

10. Outline
1. PubMedの概要と検索サイト
2. 論理演算⼦の利⽤と検索例
◦ 論理演算⼦と検索式
◦ 検索式を⽤いた検索の例
3. タグを利⽤した検索
◦ タグの使い⽅
◦ タグを⽤いた検索の例
4. MeSH DatabaseとAdvanced Search Builder
2017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH 10

11. 論理演算⼦の概要
•効率よく検索をするためのコマンド
• メジャーなものから隠しコマンド的なものまで
• 詳細は検索サイトのユーザーズガイドを確認
•⽇々情報（論⽂）は増え続ける
• 根性で上から2000件⾒る？
• ⼤量のデータから効率よく必要なものを抽出
•全部⾒るにしても，ある程度絞りたい
• 今⽇はPubMedを例にいくつか⽅法を紹介
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12. AND検索（論理積）
•指定した語が全て含まれるものを抽出
•連続して出現するものだけとは限らない
•つかいかた
• A AND B
• ⼀部のサービスでは A & B でもOK
• 語の間にスペースを⼊れると⾃動的にAND検索だが…
• PubMedの場合，よくある語は完全⼀致（フレーズ）検索になる
• どれがフレーズ認識されるかされないか実はよく知らない
• e.g. vaccine AND immunity
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A B

13. OR検索（論理和）
•指定した語のいずれかが含まれるものを抽出
•両⽅が含まれる場合も抽出
•つかいかた
• A OR B
• ⼀部のサービスでは A | B でもOK
• e.g. test OR examination
132017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH
A B

14. NOT検索（論理差）
•指定した語が含まれるものを除外して抽出
• AND検索やOR検索と組み合わせて利⽤
• NOTが単独で利⽤されることはほぼない
• 複数のNOTを使ってもよい
•つかいかた
• A NOT B
• ⼀部のサービスでは A –B でもOK
• AND NOTと⼊⼒する必要がある場合もある
• e.g. injury NOT infant NOT child
142017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH
A B

15. AND/OR/NOTの併⽤
•特に指定しない場合の優先順位
1. OR
2. AND
3. NOT (AND NOT)
•順位を指定したい場合は( )を⽤いる
• ミスを防ぐために明⽰的に書くことを推奨
• 算数の計算と同じで( )内が優先処理される
• e.g. ((A AND B) OR C) NOT D
AかつB，またはCのうち，Dを含まないもの
152017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH

16. 検索語としてのAND/OR/NOT
•and, or, notを検索語として扱う場合
• これらが単独で検索対象になることはまずない
• 論⽂のタイトルなどを検索する時に使う
• andなどを含む語を “ “ で囲って検索
（完全⼀致検索；後述）
• 論理演算⼦と組み合わせて利⽤可能
•つかいかた
• ”obstetrics and gynecology” OR OBGYN
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17. 完全⼀致検索
•フレーズ検索と表現されることもある
•AND検索より条件が厳しい
• 当該フレーズが含まれるもののみ抽出
• 間に他の語や⽂があるものは抽出されない
• PubMedでスペースを使うと勝⼿になることも
•原則は ” “ で単語を括って検索
• 検索式を提⽰する場合は “ “ で括って表記
• e.g. “head injury” NOT infant
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18. 前⽅⼀致検索
•中間・後⽅とあわせて「あいまい検索」とも
• * を使う
• *より前にある⽂字列が⼀致する語を抽出
1. 語形・語尾の変化に対応する場合
◦ e.g. cardio*
2. なんとなく覚えているものを調べる場合
• 論⽂名や著者名など
• 前半の⼀部が分かっていれば検索可能
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19. 中間⼀致検索
•PubMedでは利⽤不可
•どこかに当該⽂字列を含むものを抽出
• e.g. *et*
•データベースを使いこなす⼈でなければ，
使うことは滅多にないかもしれない
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20. 後⽅⼀致検索
•PubMedでは利⽤不可
•前⽅⼀致検索の逆
•〜istか〜ianのどちらが多いか…とか？
• e.g. *ist, *ian
•⾝元不明の場合に事務員さんが使っているかも
• 電⼦カルテ・レセコンの検索は本気出してない
• 実はもっと複雑な検索も可能だったり…
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21. その他の検索での注意点
•α，βは alpha, betaと⼊⼒
• 2010年9⽉以降のデータはギリシャ⽂字に対応
•ローマ数字は全て⼩⽂字
• Ⅰ，Ⅱはⅰ，ⅱとする
•-（ハイフン）はスペースに変換
• 後述のタグで⽤いる場合を除く
• ?や%は省略して⼊⼒
•温度は37℃ではなく 37 degrees C とする
212017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH

22. Outline
1. PubMedの概要と検索サイト
2. 論理演算⼦の利⽤と検索例
◦ 論理演算⼦と検索式
◦ 検索式を⽤いた検索の例
3. タグを利⽤した検索
◦ タグの使い⽅
◦ タグを⽤いた検索の例
4. MeSH DatabaseとAdvanced Search Builder
2017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH 22

23. タグ
•情報の属性や種類を指定するための語
• より詳細な検索と絞り込みが可能
• 著者名，雑誌名，発⾏年，⾔語 etc.
• タグが整備されていることが前提
• MEDLINE収載のものについては問題ない
•予めフォーマットが定められている
• 検索サイトによって記述⽅式が異なることも
• ユーザーズガイドに⼤抵は書いてある
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24. PubMedの検索⽤タグ⼀覧
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引用：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK3827/#pubmedhelp.How_do_I_search_PubMed

25. [AD]
•Affiliation
•(First)Authorの所属または住所の情報
• 原著に筆頭著者の情報がある場合に限る
•e.g. rakuwakai[AD]
kyoto[AD]
252017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH

26. [AU]関連
•Author
• [1AU]はFirst Author
• [FAU]は全員（2002年以降；掲載者のみ）
• [LASTAU]はLast Author
•原則として「名＋性のイニシャル」
• ⽇本⼈の場合は逆も多いので両⽅で探す
•e.g. kamiya t[AU]
toru k[1AU]
262017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH

27. 書籍関連
•[BOOK]
• 書籍名[BOOK]で検索
•[EDITOR]
• 書籍の編集者名で検索したい場合
•[ISBN]
• ISBNで検索したい場合
272017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH

28. [DP]
•Publication Date
• 特定の年，⽉，⽇または期間を指定可能
• yyyy/mm/dd[DP]
•e.g. 2015[DP]
2010/01:2013/12[DP]
“last 5 year”[DP]
（days, monthsもOK)
282017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH

29. [LA]
•⾔語を指定
• ⽇本語の⽂献も⼀部検索対象になっている
• いくつある？
•jpn[LA]
• 英語抄録＋⽇本語本⽂
292017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH

30. [PT]
•Publication Type
• https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK3827
/table/pubmedhelp.T.publication_types/?report
=objectonly
•⼀部抜粋（使いそうなもの；これに[PT]を付加）
302017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH
Case Reports Clinical Study Clinical Trial Clinical Trial, Phase I
Clinical Trial, Phase II Clinical Trial, Phase III Clinical Trial, Phase IV Comparative Study
Dataset Editorial Guideline Letter
Meta-Analysis Multicenter Study Observational Study Practice Guideline
Pragmatic Clinical
Trial
Randomized
Controlled Trial
Review Technical Report

31. [SB]
•フルテキストにアクセス可能なものを指定
•free full text[SB]
• 無料のフルテキストへのリンクがあるもの
•full text[SB]
• フルテキストへのリンクがあるもの
312017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH

32. [TA]
•Journal Title
•正式名称
• e.g. The New England journal of medicine[TA]
•略称
• e.g. N Engl J Med[TA]
•ISSN
• e.g. 1533-4406[TA]
322017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH

33. google検索のはなし
•Google Scholarも割と流⾏っているので
•site:
• 検索するサイトまたはドメインを指定する
• site:youtube.com ならYouTube内
• site:.go.jp なら⽇本の政府機関のサイト内
•filetype:
• 検索するファイルの種類（拡張⼦）を指定
• filetype:pdf
• xlsx, docx, pptx, jpg, png, csv, mpg etc.
• 論⽂名/著者名と組み合わせると便利
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34. ドメインの種類と⽤途
ドメイン(TLD, SLD) 主な用途
.jp（国別ドメイン）/.gb/.tv/.to etc. 当該国の関係者もしくは法人
.go.jp 日本政府
.co.jp 日本で登記されている法人
.or.jp 財団法人・社団法人・医療法人など
.ne.jp ネットワークサービス事業者
.ac.jp / .ed.jp 日本の教育機関・学術研究機関
.edu 主に米国の高等教育機関
.gov 米国の政府機関（.usはほとんどない）
.pro 専門職（資格証明が必要）
そのほか，.com/.net などは目的や用途を問わず利用可能
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35. こんなのもある
352017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH

36. SCI-HUB
•おかねのないけんきゅうしゃのために
• （本当はもっと崇⾼な⽬的があるのですが）
•http://sci-hub.ac/
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37. PMID/DOI
•PMID: PubMed Unique Identifier
•doi: Digital Object Identifier
372017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH
PMID/doi は
小さく書いてある

38. Outline
1. PubMedの概要と検索サイト
2. 論理演算⼦の利⽤と検索例
◦ 論理演算⼦と検索式
◦ 検索式を⽤いた検索の例
3. タグを利⽤した検索
◦ タグの使い⽅
◦ タグを⽤いた検索の例
4. MeSH DatabaseとAdvanced Search Builder
2017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH 38

39. MeSH
•検索は基本的にはタイトル・抄録・本⽂から⾏う
•医学論⽂に限らず，科学論⽂は表記がバラバラ
• cancers
• neoplasms
• tumors
•検索には不便なことも（DBとしては致命的）
• Medical Subject Headings（統⼀⾒出し語）
• 今回の場合は Neoplasms がMeSH語に
• MeSH語を⽂献と紐付けてMEDLINEに登録
• 全部で10〜20語，Major Topicがうち2〜3語
392017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH

40. MeSHを⽤いた各種検索
1. ふつうに検索
「マッピング」とも呼ばれる作業
⼊⼒された語をヒントにMeSH語を割り当てて検索
特別な意識をせずに利⽤可能だが，意図しない結果になることも
2. [MH], [MAJR]タグを⽤いた検索
「MeSH語を使いますよー」という宣⾔をした検索
意図した通りになる反⾯，MeSH語を知らないと検索ができない
3. MeSH Databaseを⽤いた検索
「べ，べつにMeSHなんて知らないけど，つ，つ，使ってあげてもいいんだからねっ！」
ふつうはキーワードがなんだかわからないことが多い
そこで便利なツールがあります
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41. [MH], [MAJR]タグ
•MeSH検索のためのタグ
• ⼤きく分けて２種類ある
•[MH]
• 10〜20語付与されるMeSH全てを検索
•[MAJR]
• 付与されたMeSHのMajor Topic（2〜3語）のみを
対象に検索
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42. MeSH Database（1/6）
•MeSHの候補となる語をみつける
•メニューから「MeSH」を選択して病名などで検索
• 今回は fibromyalgia；線維筋痛症を例にしてみる
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43. MeSH Database（2/6）
•検索結果
432017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH
MeSH語
簡易説明
設定年

44. MeSH Database（3/6）
442017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH
組み合せる
副次語の選択

45. MeSH Database（4/6）
•MeSHは階層構造（単純な⽊ではない）
452017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH

46. MeSH Database（5/6）
462017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH
Add to Search
Builderで検索式が
自動生成されたら
“Search PubMed”

47. MeSH Database（6/6）
472017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH
検索結果を確認

48. Advanced Search Builder
2017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH 48
Advanced
Search
Builder

49. 履歴が残る（⼀定時間）
•検索語・件数など
492017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH

50. 履歴を使った検索
•番号で指定可能（全て使わなくてよい）
502017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH

51. 検索結果
•ちゃんと出る
512017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH

52. My NCBI
•履歴などが⾃動的に残るので登録すると便利
522017/04/24 © 2017 TAKANORI HIROE; DEPARTMENT OF BIOSTATISTICS, KYOTO UNIVERSITY SCHOOL OF PUBLIC HEALTH

53. 今⽇のまとめ
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